微生物菌落计数器

一个功能强大的微生物培养皿菌落自动计数工具，具有直观的图形界面和精确的图像处理算法。

✨ 功能特点

• 🖼️ 多格式支持：支持JPG、PNG、BMP、TIFF等多种图片格式
• 🔍 智能计数：基于OpenCV的先进图像处理算法自动检测和计数菌落
• ⚙️ 参数调节：提供丰富的参数调整选项，适应不同类型的培养皿
• 🎯 区域选择：支持手动选择统计区域（矩形/圆形），可拖拽调整
• 🧫 培养皿检测：自动检测培养皿圆形区域，排除背景干扰
• 📊 实时显示：处理过程中实时显示二值化和计数结果
• 💾 结果保存：可保存包含原始图片、二值化图片和计数结果的统计报告
• 🎨 美观界面：精心设计的用户界面，操作直观简单
• 📱 Web App 支持：支持通过手机浏览器远程访问，方便在实验室移动使用

🚀 快速开始

方法一：直接运行（需要Python环境）

1. 安装依赖

   pip install -r requirements.txt

2. 运行程序

   python main.py

方法二：使用 Web App GUI 启动器（推荐）

1. 运行启动器

   • Windows: 双击 run_gui.bat
   • 或者运行: python web_launcher.py

2. 操作说明

   • 点击界面上的 "启动服务" 按钮。
   • 看到 "本机访问" 和 "手机访问" 地址。
   • 手机和电脑在同一局域网时，手机扫描或输入地址即可使用。

方法三：使用打包的可执行文件

1. 打包程序

   python build.py

2. 运行可执行文件

   • Windows: 双击 dist/微生物菌落计数器.exe
   • macOS/Linux: 运行 dist/微生物菌落计数器

方法四：优化打包（减小文件大小）

使用虚拟环境 + Nuitka + UPX 的优化方案：

python optimize_build.py

📖 使用指南

基本操作流程

1. 选择图片：点击"选择图片"按钮，选择培养皿图片文件
2. 调整参数：根据图片特点调整各项参数
3. 选择区域（可选）：点击"选择区域"手动指定统计范围
4. 处理图片：点击"处理图片"开始分析
5. 查看结果：查看计数结果和统计信息
6. 保存结果（可选）：点击"保存结果"保存统计报告

参数说明

1. 图像预处理

• 高斯模糊核大小：去噪参数，建议3-15之间的奇数
• 二值化方法：
  • 手动阈值：手动设置阈值
  • 自适应阈值：自动适应图片亮度变化

2. 培养皿检测

• 自动检测培养皿圆形区域：启用后只统计培养皿内的菌落

3. 菌落过滤

• 最小面积：过滤掉过小的噪点
• 最大面积：过滤掉过大的非菌落物体
• 边缘距离：避免统计边缘附近的菌落

手动选择区域

1. 点击"选择区域"按钮
2. 选择形状（圆形/矩形）
3. 在图片上拖拽选择区域
4. 确认选择后开始处理

🛠️ 开发环境

系统要求

• Python: 3.7+
• 操作系统:
  • Windows 7/8/10/11
  • macOS 10.12+
  • Linux (Ubuntu 16.04+)

依赖包

opencv-python>=4.5.0
numpy>=1.19.0
Pillow>=8.0.0
fastapi>=0.68.0
uvicorn>=0.15.0
psutil>=5.8.0

安装开发环境

# 克隆项目
git clone https://github.com/Caizhaohui/microbial-colony-counter.git
cd microbial-colony-counter

# 安装依赖
pip install -r requirements.txt

🏗️ 项目结构

microbial-colony-counter/
├── backend/            # Web App 后端代码 (FastAPI)
│   ├── core/           # 核心算法
│   └── static/         # 前端静态文件 (HTML/JS/CSS)
├── web_launcher.py     # Web App GUI 启动器 (Tkinter)
├── main.py             # 原始桌面版主程序
├── run_gui.bat         # 一键启动脚本
├── requirements.txt    # 依赖列表
└── README.md           # 项目说明

🤝 贡献指南

欢迎提交Issue和Pull Request！

📄 许可证

本项目采用MIT许可证 - 查看 LICENSE 文件了解详情。

📞 联系方式

• 项目维护者: [Zhaohui Cai]
• 邮箱: [cai_zhaohui@163.com]

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享受使用微生物菌落计数器！ 🧫🔬